A primeira parte consiste em explicar a origem do pensamento terrorista muçulmano. Esta remonta o ano de 1949, iniciada por um jovem estudante de pedagogia egípcio, Sayyid Qutb. Qutb irá aos EUA estudar o sistema educacional do país em um colégio público no interior do estado do Ohio. O então jovem Sayyid Qutb se desilude com a sociedade e os valores estadunidenses; volta ao Egito no ano seguinte, 1950, e decide lutar contra a presença da influência estadunidense nos países islâmicos.
A segunda parte mostra como voluntários e jovens seguidores do pensamento de Sayyid Qutb, dentre eles Sheikh Ayman al-Zawahiri, foram lutar contra a presença soviética no Afeganistão. Nessa ocasião, em 1987, Sheikh Ayman al-Zawahiri encontra-se com o jovem e bilionário saudita Osama bin Laden. Após a debandada soviética o conflito no Afeganistão é encerrado, e Zawahiri junta-se a bin Laden, formando uma aliança contra toda e qualquer presença ocidental nos governos dos países do Oriente Médio.
A terceira parte consiste em mostrar a mudança de foco dos extremistas. Anteriormente, era a presença ocidental nos governos dos países do Oriente Médio; agora, passa a ser o ocidente, em especial os EUA e seus aliados. O documentário também argumenta que o grupo terrorista Al-Qaeda é apenas um invenção do governo norte-americano para justificar a luta contra o terrorismo."